Guru-guru di sekolah , menganggap Totto-chan nakal . Padahal gadis cilik periang itu hanya memiliki keingin tahuan yang besar. Totto-chan pun dikeluarkan dan sekolah dengan alasan selalu membuat keributan di kelas . Seperti memanggil para pemusik jalanan yang langsung membuat para murid ribut , hingga masalah laci Totto-chan yang selalu dibuka ratusan kali dan ditutup dengan cara dibanting. Mama tak bisa berbuat apa-apa selain menyekolahkan anaknya ke sekolah lain tanpa memberitahu apa yang terjadi padanya . Mama pun mendaftarkan Totto-chan ke Tomoe Gakuen . Totto-chan senang sekali , di sekolah itu para murid belajar didalam gerbong kereta sebagai pengganti ruang kelas . Ia bisa belajar sambil melihat ke halaman seolah-olah sedang melakukan perjalanan naik kereta. Di sekolah Tomoe , para murid bebas memilih urutan pelajaran yang mereka sukai - Kepala sekolah juga menetapkan makan siang dengan membawa �sesuatu dari laut dan sesuatu dari gunung�. Karena sekolah itu begitu unik, Totto-ch...